希腊哲学家没有停留在对宇宙本原或始基（physis）的探讨，这种探讨属于物理学（physics）的范畴，他们还要继续超越，寻求物理学之上的层次，这个层次的学问属于形而上学（metaphysics，中文翻译基于《易传》“形而下者谓之器，形而上者谓之道。” meta这一前缀对于心理学专业人士而言再熟悉不过了，如metacognition，我们习惯于将其翻译为“元…”，据此形而上学也可以翻译为“元物理学”。而经过扎克伯格一番操作，它作为一个单词已经为大众熟知）。这种探索是一种超自然的寻求，但与神话和原始宗教不同，它来自希腊神话的“命运”主题，意味着“必然性”。但哲学家们不再用神话角色和故事的方式去叙述，而是用“数”“存在”“逻格斯”“存在”“理念”等概念来表征那些在具体事物之后或之上的作为具体事物的本质或形式。这就将人类的思维又向前大大地推进了一步。

毕达哥拉斯

毕达哥拉斯（Pythagoras，约公元前580～前500年）出生于跟米利都隔海相望的小岛——萨摩斯岛。萨摩斯在僭主波吕克拉底的统治下达到空前的强盛，后来波吕克拉底因骄妄过度而被波斯王设计杀害，萨摩斯便在临近希波战争时趋于衰落。毕达哥拉斯对萨摩斯和爱奥尼亚地区的环境极为不满，于是移居到意大利南部一个繁荣的希腊城邦克罗顿。在这里，他创立了毕达哥拉斯学派。

古希腊的哲学、科学、宗教之间并非泾渭分明。毕达哥拉斯既是一个带有神秘色彩宗教的创始人，又是一个数学学派创始人。他创立的宗教声称能够净化灵魂并使其不朽，而且也奉行许多奇怪的宗教禁忌，例如不准吃豆子、不准吃动物的心、不准杀生等等。据说有一次毕达哥拉斯阻止朋友殴打一只狗，因为他从狗的叫唤声中听到一位故去朋友的声音。

毕达哥拉斯通晓音律，据说他发明了单弦琴，还发现了音程，并注意到背后的比率关系。竖琴的一根弦长必须和另一根之间有某种关系，才能产生愉悦而和谐的声音。这是心理学中的第一条心物定律。物理事件（乐器琴弦之间的关系）与心理事件（觉知到的动听声音）表现出了系统的联系。实际上，毕达哥拉斯用数学术语表述了这种心理物理关系。数字和数字关系虽然是抽象的，却是真实的，并影响着经验世界。数字世界的存在独立于经验世界，并且只有通过理性才能认识它的纯粹形式。只要把定理用于抽象的三角形，它就是准确无误的；然而，一旦将之用于实际的三角形，结果却不是绝对正确的，因为在经验世界中，不存在完美的三角形。感觉经验无法提供知识，事实上，这种经验还阻碍了知识的获得。在经验世界中，没有什么东西是完美的。完美仅存在于抽象的数学世界，它非感官所及，因而只能靠理性。数学证明就是可以通过逻辑论证得出一个结论，这个结论也会被所有遵循这种论证方式的人所接受。

他还将这种比率关系运用到天文学中，发现天体之间的位置关系也符合某种比率。他提出“数是万物的本原”这个命题，认为数学可以解释和预测自然。宇宙万物都可从数字和数字关系中找到其基本的解释。在他的数本原说里，数与形的关系没有严格分开。一方面，他把数具象化，与形紧密联系，例如1、2、3、4等数字具有空间意义：1代表一个点，2代表一条线，3代表一个面，4代表一个体。毕达哥拉斯将万物产生的过程描述为由点到线，由线到面，由面到体的过程，然后由体按照不同的排列组合方式生成水、火、土、气四种基本物质，最后由它们构成世间万物。另一方面，数具有神秘性，是在背后决定事物性质的某种抽象物，数量关系决定命运，比如1象征理智(因为它是最基本的数)，2象征意见(因为它是摇摆不定的)，4和9象征正义(因为它们分别是第一个偶数“2”的平方和第一个奇数“3”的平方)，10象征圆满(因为它是1、2、3、4之和)……

在毕达哥拉斯的观念里，思想比肉体更高一等。他假设了物质与抽象两个世界，认为二者相互影响并且抽象世界处于优先地位，而理性能力帮助我们理解抽象世界，理性是灵魂的一大功能，灵魂是不朽的。他将灵魂分三部分：表象、心灵和生气。动物有表象和生气，只有人有心灵。灵魂的位置从心到脑。生气在心的部位，心灵和表象在脑子里。西方思想史上，毕达哥拉斯明确提供了身心二元论的哲学思想。

克塞诺芬尼

克塞诺芬尼（Xenophanes，鼎盛年约在公元前540年）是爱利亚学派的第一位哲学家。爱利亚学派的地理位置处于南意大利地区。克塞诺芬尼在思想史上最重要的贡献就是对多神论进行怀疑和批判。在他眼里，希腊神话中的那些神不过是人们依照自己形象杜撰出来的，所以希腊人的神的容貌就像希腊人，埃塞俄比亚的神就是黑皮肤的。他说，如果狮子和马能创造神的话，它们就会创作出和狮子形和马形的神。这个想法在当时是非常具有挑战性的，已经接近了无神论的观点，但是克塞诺芬尼并没有得出无神论的结论，他认为在诸神背后有一个不生不灭、独一无二的神，没有固定的形体，只有通过思想才能认识与把握。他运用归谬法推论出这个“神”是从“存在”中产生的，因为它不能从非同类中产生，即不能从“不存在”中产生，否则就是无中生有。这是他的另一个功绩，虽然有诡辩的色彩，但它具有开创性的意义，后来被爱利亚学派与智者派借鉴。

巴门尼德

巴门尼德（Parmenides，生于约公元前515年）出身于爱利亚的一个豪门望族，是克塞诺芬尼晚年的学生。在克塞诺芬尼的影响下，他提出两个重要的哲学概念：存在和非存在。巴门尼德对自己所讲的“存在（being）”具体指什么没有明确表述，但是我们沿着古希腊哲学的发展脉络，可以推论出他所说的“存在”就是事物的本质，是“多”后面的“一”；而“非存在”就是纷繁复杂、不断变化的现象世界。巴门尼德有一句名言：存在者存在，非存在者不存在。他认为“存在”有以下几个特性：第一，“存在”是不凭空产生也不凭空消失的；第二，“存在”只有整体，没有部分，不能分割；第三，“存在”不会变动，永远在一个地方；第四，“存在”在时间上无始无终，但在空间上却不是无边无际的，它看起来像一个球形（这也许受了毕达哥拉斯思想的影响，即认为球形是最完美的）。

巴门尼德的“存在”是思想中的抽象概念，所以他强调只有思想才能把握“存在”。而“非存在”是所有具体的东西，可以通过感觉来捕捉。他观点鲜明地反对米利都学派，认为把自然物质作为万物本原的做法十分粗鄙，而且只能称为一种意见，而非真理。巴门尼德描写他乘坐着驷马高车，在太阳神女儿的指引下穿越光明之门，受到正义女神的亲切接待，女神勉励他要坚持“真理”而远离“意见”。惟有理性思考才能获得知识，感觉经验仅提供幻觉。根据抽象思维得到的是“真理”，根据感官知觉得到的是只是“意见”。巴门尼德通常被视为形而上学的奠基人。

芝诺

芝诺（Zeno of Elea，约公元前495～前430）是巴门尼德最喜欢的学生，他身材伟岸，气宇轩昂，性情孤傲，自视甚高。他积极参与城邦的政治斗争，因反对僭主而被捕，因拒绝招供同伙而被害死。在哲学上，他主要做的就是用诡辩论来论证巴门尼德的观点。他认为事物的运动和多都是虚假的，不动和单一才是真实存在的。他用逻辑来否定运动和多，以此来支持巴门尼德的观点。

首先，我们来看对运动的否定。这类论证包括“二分法”、“阿克琉斯追乌龟”、“飞矢不动”、“运动场”等等，限于篇幅，我们介绍其中的两个。第一个是“二分法”。某个物体从A点移向B点，必须先走完路程的一半。然后，它必须走完剩余距离的一半，如此延续下去，它永远也无法到达B点。第二个是“飞矢不动”，一支箭从A点飞向B点，要经过两点之间所有的所在点，在每一个瞬间，它都处于某一点上，而在这个瞬间，它就是不动的，从A到B的距离是由其间的每一个点集合而成，这支箭每一瞬间在每个点上都是不动的，不动加不动还是不动，因此这支箭始终都是静止的。

其次，我们来看对多的否定。这方面的论证有：“谷粒的论证”、“地点的论证”、“大小的论证”等等。我们以“谷粒的论证”为例。芝诺说，一粒谷子掉在地上，不会发出声音，而一斗谷子是由一粒一粒的谷子堆成，却会发出声音，这说明事物的多会导致矛盾，因此多是虚假的。

芝诺通过归谬法和反证法得出上述结论。尽管充满诡辩色彩，结论也是荒谬的，但他提出的问题培养了一种重视逻辑推理的倾向，影响了后来的智者学派，推动了形而上学的发展。

赫拉克利特

我们之前介绍过的赫拉克利特比克塞诺芬尼年轻而比巴门尼德年长。他对形而上学也有独到的贡献。我们已知，赫拉克利特看到自然界中的万物似乎处在一种永恒流动或变化的状态，对此事实，他印象深刻，并假定火是始基，因为万物因火而转变成其他物质。他看到的事实是，无物存在（being），然而，一切都在生成（becoming），即变化，唯一不变的是变。变化的规律，背后永恒不变的法则叫做“逻各斯”（logos，本意是话语，道，引申为规律、必然性）。巴门尼德的看到的是存在，赫拉克利特看到的是变化，但变化背后有不变的法则。这是普遍理性的产物，“逻各斯”决定了火与万物之间的转化。“逻各斯”只能通过抽象的思想才能把握，它不同于感觉世界中具体的有形之物。

赫拉克利特认为万物存在于对立两极之间。两极是不可分的，其中一极限定了另一极。疾病使健康舒服，坏使好舒服，饿使饱舒服，疲劳使休息舒服。这里蕴含着后来黑格尔“任何事物都包含着对它自身的否定”这一思想，所以赫拉克利特也是辩证法的奠基人。

本原或始基、数、存在、逻各斯等概念构成了古希腊自然哲学的核心思维，为后来哲学本体论的发展奠定了基础。